«Corpus Christi» er historien om den 20-årige Daniel som opplever en åndelig oppvåkning mens han er i ungdomsfengsel. Siden han har en dom, så vil han ikke kunne søke seg inn på presteseminaret, og etter at han er løslatt, sendes han for å jobbe på et sagbruk langt hjemmefra. Men Daniel har ingen planer om å gi slipp på drømmene sine. Via uforutsette hendelser, får han muligheten til å vikariere som prest i en liten landsby som sliter med store sosiale konflikter.