Gjennom revolusjonerende teknologi som låser opp hans genetiske minner, gjenopplever Callum Lynch (Michael Fassbender) sin stamfars eventyr i det 15. århundrets Spania. Callum oppdager at han stammer fra et mystisk og hemmelig samfunn av «Assassins», og samler opp kunnskap og ferdigheter til å ta opp kampen med den mektige Templar-organisasjonen i dag.